実際にECサイト用プラグイン「WooCommerce」を使ってみた訳ですが、これにより、BASE(ベイス)等の他類似ASPサービスとの違いが見えてきました。
〇使いやすさ

ワードプレスのECサイト用プラグインである「WooCommerce」は、基本的に英語仕様でありまして、日本語には対応しておりません。サポートページも英語です。この点においては、国内企業のASPサービスでありますBASE(ベイス)に軍配です。
また、EC機能とホームページの連携におきましても、BASE(ベイス)はBASEのプラットフォームにおいてEC決済会社との連携が簡単にできる仕様となっておりますが、WooCommerceは自分でEC決済会社のアカウントを取得し、EC決済会社のアカウントページでの複雑な設定、および、WooCommerce管理画面での複雑な設定が必要でありまして、どちらの設定手続きにおきましても難解な専門用語が出てきます。
さらに、WooCommerceとの連携が可能なEC決済会社は「Stripe」と「Paypal」となっておりまして、どちらも海外企業。特にStripe社のホームページは日本語に対応しておりません。
逆にBASEは国内のEC決済会社を選択できるなど、使いやすさは抜群ですね。
〇サイトのデザインや機能のカスタム自由度

テーマのカスタマイズの自由度においてはWordPressに軍配です。
BASE(ベイス)テンプレートもプラットフォーム上のHTMLエディタ機能を使えば改修を加えるのは可能ですが、テンプレートタグは簡易的なループや条件分岐程度までとなっておりまして、Javascriptは埋め込めますが、PHP言語には対応しておりませんのでカスタムの自由度としては劣ります。
〇ランニングコスト

ランニングコストにおきましては、WooCommerceがコスパは良いです。
WooCommerceと連携可能なEC決済会社は「Stripe」と「Paypal」ですが、
・Stripe決済手数料 注文ごとに金額の3.6%
・Paypal決済手数料 注文ごとに金額の3.6%+40円
以上の手数料となりますが、BASE(ベイス)になりますと、
・BASE決済手数料 注文ごとに金額の3.6%+40円
さらに、
・BASEサービス利用料 注文ごとに金額の3%
つまり、各注文ごとに注文金額の6.6%+40円が手数料として引かれることになります。
〇まとめ

BASE(ベイス)は使い勝手は良いのですが、その分、手数料が高めです。3%も違いますと、長い目で見るとかなりの差額となりますよね。
例えば、年間100万円の売り上げのあるネットショップですと、年間3万円も手数料を多く払うことになります。
5年間BASEを使い続けると15万円もの差額となります。
従って、長い目で見ると、専門業者に頼むしかないWooCommerceの方がランニングコストにおいては軍配かと思います。
10万円くらいかけてECサイトをWooCommerceで制作しても、BASEと比較すると3年程度で制作にかけたイニシャルコストを回収できる目算となります。